"หอประวัติศาสตร์กรุงเทพคริสเตียนวิทยาลัย" ตั้งอยู่ที่ชั้น 12 อาคารจอห์น เอ. เอกิ้น เป็นสถานที่รวบรวมเรื่องราวความเป็นมาของโรงเรียนกรุงเทพคริสเตียนวิทยาลัย โรงเรียนเอกชนชายแห่งแรกของประเทศ ซึ่งก่อตั้งขึ้นด้วยพระคุณความรักของพระ เจ้า โดยมิชชันนารี   คณะอเมริกันเพรสไบทีเรียน เมื่อวันที่ 30 กันยายน พ.ศ. 2395/1852 นำเสนอการพัฒนาการศึกษาไทยในระบบสากล ควบคู่กับเหตุการณ์ สำคัญของสังคม   เศรษฐกิจการเมือง  เพื่อกระตุ้นให้เกิดการเรียนรู้และสร้างแรงบันดาลใจ โดยเริ่มมีแนวคิดตั้งแต่ปีพ.ศ. 2543/2000 และดำเนินการจัดสร้างในปีพ.ศ. 2552/2009-2553/2010 ในการนี้โรงเรียนได้จัดให้มีพิธีมอบถวาย อาคารจอห์น เอ. เอกิ้น เมื่อวันที่ 11 ตุลาคม 2553/2010 โดยประธานสภาคริสตจักรในประเทศไทย ศจ.วิรัช โกยดุลย์ และในวโรกาสที่สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินทรงเปิดอาคาร จอห์น เอ. เอกิ้น ทรงเยี่ยมชมหอประวัติศาสตร์ ในวันจันทร์ที่ 29 พฤศจิกายน พ.ศ. 2553/2010 เวลา 16.30 น. ยังความปลื้มปีติแก่ชาวบีซีซีเป็นอย่างยิ่ง