ปีพ.ศ. 2380 คริสตจักรเพรสไบทีเรียนในอเมริกา ได้จัดตั้งคณะกรรมการแผนกต่างประเทศขึ้น คณะกรรมการใหม่นี้ได้จัดส่งมิชชันนารีมายังประเทศสยามตั้งแต่ช่วงปีพ.ศ. 2383 มิชชันนารีเพรสไบทีเรียนคนสำคัญ ได้แก่ ศาสนาจารย์สตีเฟน แมตตูน, ศาสนาจารย์ ดร. ซามูเอล อาร์. เฮาส์, ศาสนาจารย์ ดร. แดเนียล แมคกิลวารี, ศาสนาจารย์ เอส. จี. แมคฟาร์แลนด์ เป็นต้น ท่านเหล่านี้มีส่วนสำคัญในการก่อตั้งคริสตจักรเพรสไบทีเรียนแห่งแรกในสยามและสภาคริสตจักรในประเทศไทยในเวลาต่อมา

เมื่อพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเสด็จขึ้นครองราชย์ในปีพ.ศ. 2394 สถานการณ์ของมิชชันนารีคณะอเมริกันเพรสไบทีเรียนในแดนสยามก็ดีขึ้นมาก พระองค์ได้พระราชทานพระบรมราชานุญาตให้เช่าที่ดินระยะยาวที่กุฎีจีน ใกล้ๆ บริเวณวัดอรุณราชวราราม โดยเริ่มแรกในวันที่ 13 กันยายน พ.ศ.2395 นางแมรี่ แอล แมตตูน ได้เริ่มต้นสอนหนังสือแก่ เด็กผู้ชายและเด็กผู้หญิง ในละแวกนั้น จนกระทั่ง เมื่อวันที่ 30 กันยายน พ.ศ. 2395 มิชชันนารีคณะอเมริกันเพรสไบทีเรียน โดยศาสนาจารย์ ดร.ซามูเอล เรโนลด์ เฮ้าส์ และศาสนาจารย์สตีเฟน แมตตูน ได้ก่อตั้งโรงเรียนที่ทำการสอนตามแบบสากล เพื่อให้เด็กสยามและเด็กเชื้อสายจีนมีโอกาสได้รับการศึกษาที่ทันสมัยตามแบบตะวันตก โดยตั้งชื่อโรงเรียนว่า โรงเรียนคริสเตียนบอยส์สกูลที่กุฎีจีน (กรุงเทพคริสเตียนวิทยาลัย) และมีซินแสกีเอ็ง ก๋วยเซียน เป็นครูใหญ่

คริสเตียนบอยส์สกูลที่กุฎีจีน (กรุงเทพคริสเตียนวิทยาลัย) ถือเป็นโรงเรียนประจำแห่งแรกในสยามและยังเป็นโรงเรียนแรกที่มีการนำระบบการศึกษาสากลมาใช้อีกด้วย

คริสเตียนบอยส์สกูลที่กุฎีจีนถือเป็นสถาบันการศึกษาแบบสากลแห่งแรกในสยาม มีอาคารและห้องเรียนเป็นหลักแหล่ง มีหลักสูตรการเรียนการสอนที่ชัดเจน ซึ่งนอกจากจะเรียนหัดอ่านหัดเขียนแล้ว ยังมีวิชาคณิตศาสตร์ ประวัติศาสตร์ ภูมิศาสตร์ ภาษาอังกฤษ วิทยาศาสตร์สาขาต่างๆ และการสอนทางศาสนา นอกจากนี้มิชชันนารียังได้ริเริ่มให้มีการตรวจสุขภาพเด็กๆ ก่อนเข้าเรียน นับว่าเป็นมาตรการทางสาธารณสุขที่ก้าวหน้ามากในสมัยนั้น

ปีพ.ศ. 2400 คณะมิชชันนารีเริ่มตั้งหลักปักฐานที่สำเหร่ ได้มีการสร้างพระวิหาร โรงเรียน โรงพิมพ์ บ้านพักมิชชันนารี โกดังเก็บของ ต่อมาได้ย้ายโรงเรียนจากกุฎีจีนมายังสำเหร่ใช้ชื่อว่า "สำเหร่บอยส์สกูล" ที่โรงเรียนแห่งนี้มีขุนนางผู้ใหญ่จนถึงพระเจ้าแผ่นดินให้ความร่วมมือสนับสนุน ส่งเด็ก ๆ มาเล่าเรียนหนังสือ ซึ่งมีทั้งเจ้านาย 2 พระองค์ ซึ่งเป็นพระราชนัดดาของรัชกาลที่ 4 และพระราชนัดดาของรัชกาลที่ 3 บุตรชายของอัครมหาเสนาบดี บุตรชายของพวกมหาดเล็กมาเรียนภาษาอังกฤษในโรงเรียนที่สำเหร่ นอกจากนี้ชาวบ้านก็ส่งลูกหลานมาเรียน โดยพวกที่อยู่ไกลก็ได้เป็นนักเรียนประจำ กินนอนอยู่ที่โรงเรียน ส่วนใหญ่เด็กเหล่านี้จะตอบแทนโรงเรียนด้วยในการช่วยทำงานต่างๆ มากกว่าจะจ่ายเงินเป็นค่าเล่าเรียน ในปีพ.ศ. 2402 นายชื่นได้รับเชื่อเป็นคริสเตียนในคณะเพรสไบทีเรียนคนแรกและเป็นครูสอนภาษาไทยคนแรกของโรงเรียนที่สำเหร่ในเวลาต่อมา

ในขณะที่กิจการของโรงเรียนกำลังดำเนินไปดี โรงเรียนกลับต้องประสบกับความเดือดร้อนจากการขาดแคลนครู อันเนื่องมาจากปัญหาความไม่คุ้นเคยกับสภาพอากาศเขตร้อนและมลพิษจากโรงสีในบริเวณนั้น ครูหลายคนล้มป่วยจนต้องเดินทางกลับบ้านเกิดเมืองนอน คณะมิชชันนารีได้ขอความช่วยเหลือไปยังอาจารย์จอห์น แอนเดอร์สัน เอกิ้น ซึ่งเปิดโรงเรียน "บางกอกคริสเตียนไฮสกูล" อยู่ที่กุฎีจีน (โรงเรียนแห่งนี้ตั้งขึ้นหลังจากโรงเรียน "คริสเตียนบอยส์สกูล" ของศาสนาจารย์แมตตูนที่กุฎีจีน 36 ปี (ปีพ.ศ. 2431)) อาจารย์เอกิ้นจึงตัดสินใจย้ายโรงเรียนของตัวเองมารวมกันเมื่อปีพ.ศ. 2433 โดยมาสร้างตึกเรียนใหม่ให้ใหญ่โตกว้างขวางขึ้น เป็นอาคารสองชั้น ชั้นล่างเป็นปูน ชั้นบนเป็นไม้หลังคามุงกระเบื้องตั้งชื่อว่า "สำเหร่บอยส์คริสเตียนไฮสกูล"

แม้จะรวมโรงเรียนส่วนตัวที่กุฎีจีน "บางกอกคริสเตียนไฮสกูล" และโรงเรียนของมิชชันที่สำเหร่ "สำเหร่บอยส์สกูล" จนมีขนาดใหญ่โตโดยใช้ชื่อว่า "สำเหร่บอยส์คริสเตียนไฮสกูล" ผู้บริหารวิสัยทัศน์ไกลเช่นอาจารย์จอห์น เอ. เอกิ้น ยังได้ตระหนักว่าโรงเรียนควรจะมีที่ตั้งบริเวณฝั่งพระนครเพื่อความเจริญก้าวหน้ายิ่งขึ้น ท่านจึงหารือกับอาจารย์เจ. บี. ดันแลป ในการหาซื้อที่ดินใหม่ ต่อมาคณะมิชชันนารีได้ตกลงซื้อที่ดินของเจ้าพระยาสุรศักดิ์มนตรีที่ถนนประมวญ ย่านสีลม โดยใช้เงินที่ได้รับบริจาคจากผู้มีจิตศรัทธา ในปีพ.ศ.2445 โรงเรียนชายในระบบสากลโรงเรียนแรกในสยามก็ถือกำเนิดขึ้น โดยเปลี่ยนชื่อเป็น "กรุงเทพคริสเตียนไฮสกูล" นอกจากโรงเรียนแห่งใหม่บนถนนประมวญจะดำเนินการจัดหลักสูตรการเรียนการสอนอย่างจริงจังแล้ว ยังให้ความสำคัญกับการอบรมเชิงจริยธรรมและความมีระเบียบวินัย มาตรฐานการศึกษาที่สูงทำให้โรงเรียนได้รับการยกระดับขึ้นเป็นวิทยาลัยในปีพ.ศ. 2456 และเปลี่ยนชื่อเป็น "โรงเรียนกรุงเทพคริสเตียนวิทยาลัย"