• ค.ศ. 1888 เมื่อท่านอาจารย์จอห์น.เอ.เอกิ้นได้เข้าร่วมงานกับท่านอาจารย์เอส.จี.แมคฟาแลนด์ได้ระยะหนึ่งและเมื่อพ้นพันธะใดๆแล้ว ท่านก็ลาออกจากตำแหน่งครูรัฐบาลแต่ด้วยใจรักการศึกษา ท่านก็ได้จัดตั้งโรงเรียนส่วนตัวขึ้น ณ ตำบลวัดกระดี่จีน (กุฏีจีน) ชื่อว่าโรงเรียนบางกอกคริสเตียนไฮสกูล (B.C.H.) และได้เชิญอาจารย์และแหม่มเจ.บี.ดันแลป พร้อมด้วยน้องสาวของท่าน เข้าร่วมงาน และในปีเดียวกันนั้นเอง อาจารย์จอห์น.เอ.เอกิ้น และคณะทั้งสามของท่านได้สมัครเข้าสังกัดของคณะเพรสไบธิเรียนแล้ว และในเวลาเดียวกันท่านศาสนทูตเอส.อาร์เฮ้าส์ ท่านศาสนทูตเจ.เอม.คัลเบริ์ทซัน ท่านศาสนทูตเอน.เจ.แมคโดนัล และท่านศาสนทูต เจ.แวนได๊ก์ ได้เดินทางกลับไปเยี่ยมบ้านเกิดของท่าน ณ สหรัฐอเมริกา ทำให้ทางฝ่ายมิชชันในกรุงเทพฯ ขาดผู้บริหารด้านการศึกษาไปที่ประชุมจึงได้มีมติให้อาจารย์เจ.เอ.เอกิ้น เป็นผู้ที่เหมาะสมที่จะบริหารงานด้านการศึกษาของมิชชันต่อไป ดังนั้นท่านต้องแบกภารกิจเป็น 2 เท่าคือทั้งงานส่วนตัวที่"บางกอกคริสเตียนไฮสกูล"ที่กุฎีจีน และโรงเรียนของคณะมิชชันที่สำเหร่

• ค.ศ. 1892 ท่านอาจารย์จอห์น.เอ.เอกิ้น เห็นว่าการที่ต้องบริหารงานเป็นสองฝักสองฝั่งเช่นนี้ย่อมสิ้นเปลืองแรงงาน และไม่ประสบความสำเร็จในที่สุด ท่านจึงตัดสินใจยกเลิกกิจการที่กุฎีจีนเสีย และมุ่งหน้าปรับปรุงกิจการส่วนรวมของหมู่คณะ คือดำเนินการบริหารที่สำเหร่แต่เพียงด้านเดียวท่านได้แสดงถึงความเสียสละ อย่างยิ่ง โดยทุ่มเททุนส่วนตัวของท่านที่สะสมไว้เพื่อ "บากกอกคริสเตียนไฮสกูล"

• ค.ศ. 1900 ทางคณะมิชชันนารีเล็งเห็นว่า หากจะขยายการศึกษาให้กว้างไกลออกไปแล้ว ที่ดินตรงตำบลสำเหร่ไม่เหมาะสม จึงมุ่งหมายไปยังที่ดินแปลงใหม่ ณ ฝั่งชายแม่น้ำเจ้าพระยาอันเป็นฝั่งกรุงเทพฯ ปัจจุบันและในที่สุดก็ได้ซื้อที่ดินแปลงหนึ่งที่บริเวณ ถนนประมวญ ตำบลสีลม อำเภอบางรัก และสร้างสถาบันการศึกษาขึ้นใหม่เรียกนามว่า "กรุงเทพคริสเตียนไฮสกูล"

• ค.ศ. 1913 กรุงเทพคริสเตียนไฮสกูล รุ่งโรจน์เรื่อยมาเป็นลำดับ กิจการงานศึกษาแผ่กว้างยิ่งขึ้น มติจากบอร์ดนอก จึงได้สั่งให้เปลี่ยนจากไฮสกูล เป็นคอลเล็จ (COLLEGE) ดังนั้นเองนามของสถาบันการศึกษาแห่งนี้จึงได้เปลี่ยนเป็น "กรุงเทพคริสเตียนวิทยาลัย" เรียกชื่อและเขียนตามอักษรโรมันว่า BANGKOK CHRISTIAN COLLEGE มักเรียกย่อๆว่า BCC

• ค.ศ. 1920 กรุงเทพคริสเตียนวิทยาลัยได้รับเกียรติรับรองวิทยฐานะเทียบเท่าโรงเรียนรัฐบาล

โรงเรียนกรุงเทพคริสเตียนวิทยาลัย สังกัดสำนักงานพันธกิจการศึกษามูลนิธิสภาคริสตจักรในประเทศไทย บนเนื้อที่ 17 ไร่ 1 งาน 75 ตารางวา ประกอบไปด้วยหอธรรม อาคารอารีย์ เสมประสาท อาคาร 2 อาคารสิรินาถ อาคารบีซีซี 150 ปี สระว่ายน้ำ สนามฟุตบอล สนามบาสเกตบอล เปิดการเรียนการสอน ตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึง ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6 และอาคารจอห์น เอ เอกิ้น ซึ่งเป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก สูง 16 ชั้นและชั้นใต้ดิน 4 ชั้น ชั้น 12 เป็นหอประวัติศาสตร์โรงเรียน